guix-patches - Patches for guix

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* \| \| \| \| \|	gnu: Remove obsolete import of R build system module.	Ricardo Wurmus	2019-11-27
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm: Remove import of (guix build-system r).
* \| \| \| \| \|	gnu: r-subplex: Move to (gnu packages cran).	zimoun	2019-11-27
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (r-subplex): Move from here... * gnu/packages/cran.scm (r-subplex): ...to here. Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
* \| \| \| \| \|	gnu: r-pracma: Move to (gnu packages cran).	zimoun	2019-11-27
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (r-pracma): Move from here... * gnu/packages/cran.scm (r-pracma): ...to here. Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
* \| \| \| \| \|	gnu: r-desolve: Move to (gnu packages cran).	zimoun	2019-11-27
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (r-desolve): Move from here... * gnu/packages/cran.scm (r-desolve): ...to here. Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
* \| \| \| \| \|	gnu: r-quadprog: Move to (gnu packages cran).	zimoun	2019-11-27
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (r-quadprog): Move from here... * gnu/packages/cran.scm (r-quadprog): ...to here. Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
* \| \| \| \| \|	gnu: wxmaxima: Update to 19.11.1.	Kei Kebreau	2019-11-23
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 19.11.1.
* \| \| \| \| \|	gnu: r-quadprog: Update to 1.5-8.	Tobias Geerinckx-Rice	2019-11-23
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (r-quadprog): Update to 1.5-8.
* \| \| \| \| \|	gnu: r-desolve: Update to 1.25.	Tobias Geerinckx-Rice	2019-11-23
\| \|_\|_\|_\|/ \|/\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (r-desolve): Update to 1.25.
* \| \| \| \|	gnu: Add minisat.	Robert Smith	2019-11-19
\| \|_\|_\|/ \|/\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/patches/minisat-friend-declaration.patch: New file. * gnu/packages/patches/minisat-install.patch: New file. * gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add both files above. * gnu/packages/maths.scm (minisat): New exported variable. Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>
* \| \| \|	gnu: vc: Update to 1.4.1.	Marius Bakke	2019-10-20
\| \|_\|/ \|/\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (vc): Update to 1.4.1. [native-inputs]: Add VIRTEST and a test data origin. [arguments]: Add phase to copy test data.
* \| \|	gnu: mumps: Build and install shared libraries.	Maurice Brémond	2019-10-14
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/patches/mumps-shared-libseq.patch, gnu/packages/patches/mumps-shared-mumps.patch, gnu/packages/patches/mumps-shared-pord.patch: New files. * gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them. * gnu/packages/maths.scm (mumps)[source](patches): Add them. [arguments]: In 'configure' phase, adjust "Makefile.inc" for shared library support. In 'install' phase, install libmpiseq.so when it exists. Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludovic.courtes@inria.fr>
* \| \|	gnu: mumps: Update to 5.2.1.	Maurice Brémond	2019-10-14
\| \|/ \|/\| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (mumps): Update to 5.2.1. Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludovic.courtes@inria.fr>
* \|	gnu: mcrl2: Update source url.	Jan Nieuwenhuizen	2019-10-08
\|/ \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (mcrl2): Update source url.
*	Merge branch 'core-updates'	Ludovic Courtès	2019-10-08
\|\
\| *	Merge branch 'master' into core-updates	Ludovic Courtès	2019-10-01
\| \|\
\| * \	Merge branch 'master' into core-updates	Marius Bakke	2019-09-27
\| \|\ \
\| * \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Ludovic Courtès	2019-09-24
\| \|\ \ \
\| * \ \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Ludovic Courtès	2019-09-17
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\| * \ \ \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Mark H Weaver	2019-09-06
\| \|\ \ \ \ \
\| * \| \| \| \| \|	gnu: hdf-eos2: Add libtirpc input.	Marius Bakke	2019-09-03
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (hdf-eos2)[inputs]: Add LIBTIRPC.
\| * \| \| \| \| \|	gnu: hdf4: Build with libtirpc.	Marius Bakke	2019-09-03
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/patches/hdf4-tirpc.patch: New file. * gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it. * gnu/packages/maths.scm (hdf4)[source](patches): Use it. [inputs]: Add LIBTIRPC. [arguments]: Adjust #:configure-flags accordingly.
\| * \| \| \| \| \|	Merge branch 'master' into core-updates	Mark H Weaver	2019-08-29
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\| * \ \ \ \ \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Mark H Weaver	2019-08-22
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\| * \ \ \ \ \ \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Marius Bakke	2019-08-13
\| \|\ \ \ \ \ \ \ \
\| * \ \ \ \ \ \ \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Ludovic Courtès	2019-07-17
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: Adjust uses of C{,PLUS}_INCLUDE_PATH for GCC 7.	Marius Bakke	2019-07-14
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \|	Merge branch 'staging' into core-updates	Marius Bakke	2019-07-02
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\| * \ \ \ \ \ \ \ \ \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Ludovic Courtès	2019-06-27
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\| * \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \	Merge branch 'staging' into core-updates	Marius Bakke	2019-06-20
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\| * \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Ludovic Courtès	2019-06-13
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\| * \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \	Merge branch 'staging' into core-updates	Marius Bakke	2019-05-25
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: OpenBLAS: Update to 0.3.6.	Marius Bakke	2019-05-04
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (openblas): Update to 0.3.6.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: maxflow: Use HTTPS home page.	Tobias Geerinckx-Rice	2019-10-08
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (maxflow)[home-page]: Use HTTPS.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: maxflow: Correct version to 3.0.5.	Tobias Geerinckx-Rice	2019-10-08
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	This won't be picked up by ‘guix package -u’, but the code is identical anyway. By changing this now, fewer installations will fail to upgrade at all if upstream ever release a new <3.4. * gnu/packages/maths.scm (maxflow)[version]: Change to 3.0.5. [source]: Use version tag instead of raw matching commit.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: maxflow: Use GIT-FILE-NAME.	Tobias Geerinckx-Rice	2019-10-08
\| \|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|/ \|/\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (maxflow)[source]: Use GIT-FILE-NAME.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: Add mcrl2-minimal.	Jan Nieuwenhuizen	2019-09-30
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (mcrl2-minimal): New variable.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: mcrl2: Update to 201908.0.	Jan Nieuwenhuizen	2019-09-30
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (mcrl2): Update to 201908.0.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: z3: Update to 4.8.6.	Tobias Geerinckx-Rice	2019-09-28
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (z3): Update to 4.8.6.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: dealii: Update to 9.1.1.	Eric Bavier	2019-09-27
\| \|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|/ \|/\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (dealii): Update to 9.1.1. [source]: Remove patch no longer needed. * gnu/local.mk (dist_patch_DATA): ditto. * gnu/packages/patches/dealii-mpi-deprecations.patch: Delete it.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: glm: Update to 0.9.9.6.	Tobias Geerinckx-Rice	2019-09-24
\| \|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|/ \|/\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (glm): Update to 0.9.9.6. [source]: Add patch. * gnu/packages/patches/glm-restore-install-target.patch: New file. * gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: wxmaxima: Update to 19.09.0.	Tobias Geerinckx-Rice	2019-09-21
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 19.09.0.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: octave: Use texlive-union.	Ricardo Wurmus	2019-09-20
\| \|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|/ \|/\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (octave)[native-inputs]: Replace texlive with texlive-union containing texlive-epsf.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: gmsh: Update home page.	Paul Garlick	2019-09-13
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	This addresses a 'guix lint' warning. * gnu/packages/maths.scm (gmsh)[home-page]: Update to avoid URL redirection.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: openblas: Set 'NUM_THREADS'.	Ludovic Courtès	2019-09-13
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	Until now, OpenBLAS would use at most the N threads, where N is the number of cores that happened to be available on the build machine (typically N=8). * gnu/packages/maths.scm (openblas/fixed-num-threads): New variable. (openblas)[replacement]: New field. (openblas-ilp64): Use 'package/inherit'.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: gmsh: Fetch source from Git.	Paul Garlick	2019-09-12
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (gmsh)[source]: Switch to GIT-FETCH.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: hypre: Update texlive-union.	Ricardo Wurmus	2019-09-12
\| \|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|/ \|/\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (hypre)[native-inputs]: Replace texlive-generic-xypic and texlive-fonts-xypic with texlive-xypic; add texlive-cm to the texlive-union.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: hdf4: Update to 4.2.14.	Marius Bakke	2019-09-04
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (hdf4): Update to 4.2.14.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: Add speedcrunch.	Steve Sprang	2019-08-31
\| \|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|/ \|/\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (speedcrunch): New variable. Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>
* \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: python-cvxopt: Update to 1.2.3.	Tobias Geerinckx-Rice	2019-08-26
\| \|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|/ \|/\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (python-cvxopt): Update to 1.2.3.
* \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: wxmaxima: Update to 19.08.0.	Kei Kebreau	2019-08-20
\| \|_\|_\|_\|_\|_\|_\|/ \|/\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 19.08.0.