guix-patches - Patches for guix

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\| * \| \|	Merge remote-tracking branch 'origin/master' into core-updates	Efraim Flashner	2017-03-23
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\| * \ \ \	Merge remote-tracking branch 'origin/master' into core-updates	Efraim Flashner	2017-03-22
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\| * \ \ \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Mark H Weaver	2017-03-19
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\| * \ \ \ \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Marius Bakke	2017-03-15
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\| * \ \ \ \ \ \	Merge remote-tracking branch 'origin/master' into core-updates	Efraim Flashner	2017-03-13
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\| * \ \ \ \ \ \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Ludovic Courtès	2017-03-09
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \|	guix: build: make-bootstrap: Copy "falloc.h" to the new system.	Manolis Ragkousis	2017-02-27
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \|	Merge remote-tracking branch 'origin/master' into core-updates	Efraim Flashner	2017-02-20
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\| * \ \ \ \ \ \ \ \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Ludovic Courtès	2017-02-10
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\| * \ \ \ \ \ \ \ \ \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Leo Famulari	2017-02-02
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	utils: Add helper method to make files writable.	Marius Bakke	2017-01-26
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	build-system/gnu: Add 'reset-gzip-timestamps' phase.	Ludovic Courtès	2017-01-26
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	utils: Add 'gzip-file?' and 'reset-gzip-timestamp'.	Ludovic Courtès	2017-01-26
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	build-system/gnu: 'strip' phase now skips symlinks.	Ludovic Courtès	2017-01-26
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	Merge branch 'master' into core-updates	Leo Famulari	2017-01-25
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\| * \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \	Merge branch 'master' into core-updates	Ludovic Courtès	2017-01-23
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	search-paths: Allow specs with #f as their separator.	Ludovic Courtès	2017-01-23
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	guix package: Honor the order of profiles when -p appears multiple times.	Ludovic Courtès	2017-01-23
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	Merge branch 'master' into core-updates	Leo Famulari	2017-01-06
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	build-system/perl: Don't create non-deterministic 'perllocal.pod' files.	Marius Bakke	2016-11-28
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	Merge branch 'master' into core-updates	Leo Famulari	2016-11-26
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\| * \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	build-system/gnu: Make libraries writable before stripping.	Marius Bakke	2016-11-26
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	guix: Compress and decompress xz archives in parallel.	Efraim Flashner	2017-04-02
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	substitute: Send ‘User-Agent’ header.	Tobias Geerinckx-Rice	2017-03-31
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	Replace (compose not PROC) with simpler idioms.	Ludovic Courtès	2017-03-28
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	import cran: Print package stream in the expected order.	Ricardo Wurmus	2017-03-28
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	import cran: Automatically add gfortran and zlib when needed.	Ricardo Wurmus	2017-03-28
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	download: Properly parse ftp:// URLs that lack user info.	Ludovic Courtès	2017-03-28
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	derivations: Do not fetch narinfos for non-substitutable items.	Ludovic Courtès	2017-03-28
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	ui: Support Texinfo markup in package synopses.	Alex Kost	2017-03-27
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	profiles: Create fonts.dir/scale for all fonts directories.	Huang Ying	2017-03-26
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	union: Add create-all-directories? parameter to 'union-build'.	Huang Ying	2017-03-26
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	publish: Add '--nar-path'.	Ludovic Courtès	2017-03-22
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	publish: Make the nar URL prefix a parameter.	Ludovic Courtès	2017-03-22
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	publish: Add '--public-key' and '--private-key'.	Ludovic Courtès	2017-03-22
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	publish: The public and private keys are now SRFI-39 parameters.	Ludovic Courtès	2017-03-22
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	download: Handle username and password properties for FTP URIs.	Roel Janssen	2017-03-21
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	ftp-client: Allow custom username and password for FTP servers.	Roel Janssen	2017-03-21
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* guix/ftp-client.scm (ftp-open): Add username and password arguments.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	download: Remove non-existent kernel mirror.	Mark H Weaver	2017-03-19
\| \|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|_\|/ \|/\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* guix/download.scm (%mirrors) <kernel.org>: Remove www.all.kernel.org.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	http-client: Avoid name clash with 'open-connection-for-uri' in 2.2.0.	Ludovic Courtès	2017-03-18
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	build: Require Guile >= 2.0.9.	Ludovic Courtès	2017-03-18
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	pack: Add '--target'.	Ludovic Courtès	2017-03-18
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	profiles: Packages in a profile can be cross-compiled.	Ludovic Courtès	2017-03-17
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	pack: Move absolute file name to <compressor>.	Ludovic Courtès	2017-03-17
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* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	build/cargo-build-system: Make cargo-build-system install working packages.	Danny Milosavljevic	2017-03-17
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* guix/build/cargo-build-system.scm (configure): Remove proprietary dependencies. Add rust dependencies and configure Cargo to find them. (build): Also build libraries, not just applications. (file-sha256): New variable. (generate-checksums): New variable. Export it. (touch): New variable. (install): Generate checksums so Cargo accepts the package.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	build-system/cargo (cargo-build): Add cargo-build-flags, remove configure-flags.	Danny Milosavljevic	2017-03-17
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* guix/build-system/cargo.scm (cargo-build): Add cargo-build-flags, remove configure-flags.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: r: Rename to r-minimal.	Ricardo Wurmus	2017-03-17
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/statistics.scm (r): Rename to... (r-minimal): ...this new variable. (r-with-recommended-packages): Rename to... (r): ...this. * guix/build-system/r.scm (default-r): Reference r-minimal. * gnu/packages/emacs.scm (emacs-ess)[inputs], gnu/packages/machine-learning.scm (shogun)[inputs], gnu/packages/python.scm (python-rpy2)[inputs], gnu/packages/bioinformatics.scm (ribotaper)[inputs], (couger)[propagated-inputs], (roary)[inputs], (rsem)[inputs], (rcas-web)[inputs]: Change "r" to "r-minimal".
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	gnu: r: Do not build recommended packages.	Ricardo Wurmus	2017-03-17
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* gnu/packages/statistics.scm (r)[arguments]: Rename phase "build-recommended-packages-reproducibly" to "build-reproducibly"; add configure flag "--without-recommended-packages". * guix/import/cran.scm (default-r-packages): Remove recommended packages. * gnu/packages/python.scm (python-rpy2)[inputs]: Add r-survival. * gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ape)[propagated-inputs]: Add r-lattice and r-nlme. (r-vegan)[propagated-inputs]: Add r-mass. (r-genefilter)[propagated-inputs]: Add r-survival. (r-grohmm)[propagated-inputs]: Add r-mass. (r-bioccheck)[propagated-inputs]: Add r-codetools. (r-summarizedexperiment)[propagated-inputs]: Add r-matrix. (r-topgo)[propagated-inputs]: Add r-lattice. (r-sva)[propagated-inputs]: Add r-mgcv. (r-raremetals2)[propagated-inputs]: Add r-mass. (r-vsn)[propagated-inputs]: Add r-lattice. (r-pcamethods)[propagated-inputs]: Add r-mass. * gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ggplot2)[propagated-inputs]: Add r-mass. (r-locfit)[propagated-inputs]: Add r-lattice. (r-coda)[propagated-inputs]: Add r-lattice. (r-irlba)[propagated-inputs]: Add r-matrix. (r-glmnet)[propagated-inputs]: Add r-matrix. (r-e1071)[propagated-inputs]: Add r-class. (r-spams)[propagated-inputs]: Add r-lattice and r-matrix. (r-hmisc)[propagated-inputs]: Add r-cluster, r-foreign, r-lattice, r-nnet, and r-rpart. (r-zoo)[propagated-inputs]: Add r-lattice. (r-mixtools)[propagated-inputs]: Add r-boot and r-mass. (r-flexmix)[propagated-inputs]: Add r-lattice and r-nnet. (r-prabclus)[propagated-inputs]: Add r-mass. (r-fpc)[propagated-inputs]: Add r-class, r-cluster, and r-mass. (r-rcppeigen)[propagated-inputs]: Add r-matrix. (r-matrixmodels)[propagated-inputs]: Add r-matrix. (r-lme4)[propagated-inputs]: Add r-mass and r-nlme. (r-pbkrtest)[propagated-inputs]: Add r-mass and r-matrix. (r-car)[propagated-inputs]: Add r-mass, r-mgcv, and r-nnet. (r-tclust)[propagated-inputs]: Add r-cluster.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	pack: Allow for "-S /opt/foo=".	Ludovic Courtès	2017-03-16
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	Reported by Andy Wingo. * guix/scripts/pack.scm (%options): Use 'string-split' instead of 'string-tokenize'.
* \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	pack: Honor symlinks in the Docker back-end.	Ludovic Courtès	2017-03-16
\| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|	* guix/docker.scm (symlink-source, topmost-component): New procedures. (build-docker-image): Add #:symlinks parameter and honor it. Remove hard-coded /bin symlink. * guix/scripts/pack.scm (docker-image): Pass #:symlinks to 'build-docker-image'.